Das Mikrobiom ist die Gesamtheit aller Mikroorganismen (Bakterien, Viren, Pilze etc.), die einen Makroorganimus (Mensch, Tier, Pflanze) besiedeln. Mikrobiome befinden sich auf allen Körperoberflächen: Darm, Haut sowie sämtliche Schleimhäute. Neue Studien geben Hinweise auf ein Mikrobiom im zentralen Nervensystem.
Mikrobiome haben großen Einfluß auf ein Individuum. Gerät das Mikrobiom aus dem Gleichgewicht, kann das unter anderem das Immunsystem, den Stoffwechsel und das Hormonsystem maßgeblich beeinträchtigen.